Kur’ân-ı Kerim’de nefsin geniş ve zengin kullanım alanlarından biri de, “beden ile birlikte ruh” mânâsıdır. İnsan, bedeni ve rûhuyla bütünleşmiş bir yapıya sahiptir. Ölüm denen şey ise bedenin canlılığını yitirmesi ve ruhun bedenden ayrılmasıdır. Ruh bedene tekrar geri dönünce kul sorguya çekilecek ve sorumlulukları dâhilende yaptığı şeylerden hesap verecektir. “O gün herkes gelir, kendi nefsini kurtarmak için uğraşır (her nefis kendisiyle uğraşır) ve her nefse, yaptığı(nın karşılığı) tam olarak verilir ve onlara asla haksızlık edilmez.” (16/Nahl, 111)
Kıyâmet günü, hesap ânı geldiği zaman; her nefs ancak Allah’ın izniyle konuşacak (11/Hûd, 105) ve yeryüzünde yapmış olduğu şeyleri görecektir (82/İnfitâr, 5). Her nefis, kendisini zor duruma düşüren veya kendisinin lehinde olan fiillerin ve davranışların neler olduğunu bilecektir (81/Tekvîr, 14; 82/İnfitâr, 5). Hiçbir nefse haksızlık yapılmayacak (21/Enbiyâ, 47; 36/Yâsîn, 54), fakat “her nefse, kazandığı(nın karşılığı) tam olarak verilecektir.” (3/Âl-i İmrân, 25, 151). Hüküm giyen nefisler; karşılaşacakları kötü sondan dolayı ağlayıp dövünecekler (33/Ahzâb, 66). Ama bu boşunadır; zira “O din gününde hiçbir nefis, başka bir nefis için (herhangi) bir şeye sahip değildir.” (82/İnfitâr, 19)
Nefsin ruh ile beden beraberliğini dile getiren şu âyet, belki de bu konuda üzerinde en çok konuşulan âyettir: “Allah, öldükleri sırada canları alır, ölmeyenleri de uykularında (bedenlerinden alıp kendilerinden geçirir); sonra ölümüne hükmettiğini yanında tutar, ötekileri de belli bir süreye kadar bedenlerine gönderir...” (39/Zümer, 42). Bu âyette nefis, vücuttan çıkarak baygınlık (burada uyku) veya ölüm getiren ve tekrar ona girerek dirilmeyi (burada uyanma) tahrik eden “hayatî prensip”tir. Kur’an’da, nefs “hayatî soluk” teriminin, fânî bedene sıkı sıkıya bağlı bir prensibi göstermiş olması çok önemlidir. Nefis, kaderini paylaştığı bu fânî dayanaktan ayrılmaz. İlâhîlikten kaynaklanan ve bu İlâhî güç tarafından ölümlü maddeye üflenen “hayat prensibi” sözkonusu olunca, Kur’an’ın nefis terimini kullanmamasında şaşılacak bir şey yoktur. Bu durumda “ruh” ismiyle karşılaşılır. Kur’an dilinde “hayatî soluk”, “yaşatıcı ruh” anlamına gelen nefis ile, “hayat rûhu” ve “mânevî ruh” anlamına gelen ruh arasında sürekli bir ayrım vardır. Elmalılı, bu âyetteki “nefisler”den maksadın “ruh ile bedenin toplamı” olduğunu söylüyor. “Nefse ve onu şekillendirene yemin olsun” (91/Şems, 7) âyeti de bedenle birlikte ruh mânâsını ifâde eder.
Ruh-beden bütünlüğünü en güzel biçimde dile getiren âyetlerden biri de; “Nefisler (ruhlar bedenlerle) çiftleştiği zaman” (81/Tekvîr, 7) âyet-i kerîmesidir. Buradaki eşleştirmeyi, ölümden sonra meydana gelen dirilişte, ruhun tekrar bedene geri dönmesi olarak yorumlayanlar vardır. Nefsin, bedenle birlikte ruh anlamına geldiğini ifâde eden daha başka âyet-i kerîmeler de vardır (2/Bakara, 286; 5/Mâide, 25, 105; 6/En’âm, 130, 152; 7/A’râf, 188; 10/Yûnus, 23, 30, 44, 49, 54; 13/Ra’d, 11, 42; 17/İsrâ, 7; 20/Tâhâ, 15; 29/Ankebût, 6; 39/Zümer, 70; 40/Mü’min, 17; 45/Câsiye, 15; 53/Necm, 32).