Muharref İncillerin Hz. Yahya ile ilgili olarak verdikleri haberler çoğunlukla birbirleriyle çelişkilidir. Bu çelişkilerin başında Yahya'nın, İlya olup olmadığı hususunda verilen bilgilerdeki farklılıklardır. Matta İncilinde Yahya'nın İlya olduğu belirtilirken, Yuhanna İncilinde ise tam tersi söylenerek Yahya'nın İlya olmadığı ifade edilmektedir. "İsa, 'İlya gerçekten gelecek ve her şeyi yeniden düzene koyacak' diye cevap verdi. 'Size şunu söyleyeyim. İlya zaten gelmişti, ama onu tanımadılar, ona yapmadıklarını bırakmadılar... O zaman öğrenciler İsa'nın kendilerine vaftizci Yahya'dan söz ettiğini anladılar (Matta, 17/11-13; 11/12-15). Matta İncilindeki bu ifadeden, Yahya'nın İlya olduğu açıkça anlaşılıyor. Bir de Yuhanna'nın yazdıklarına bakalım: "Yahudiler Yahya'ya, 'sen kimsin?' diye sormak üzere Kudüs'ten kâhinlerle Levilileri gönderdikleri zaman, Yahya'nın tanıklığı şöyle oldu: 'Ben peygamber değilim' diye açıkça konuştu. Onlar kendisine, 'Öyleyse sen kimsin? İlya mısın?' diye sordular. O da: 'Değilim' dedi. 'Sen peygamber misin?' sorusuna da: 'hayır' cevabını verdi." (Yuhanna, 1/19-21). Görüldüğü gibi, Yuhanna'ya bizzat Yahya'nın kendisi, kendisinin İlya olmadığını söylüyor. Yahya İlya mı, değil mi? Hangi İncile inanalım ve nasıl karar verelim?
İncillerde Yahya ile ilgili olarak geçen çelişkili haberlerden bir diğeri de, onun Hz. İsa'yı baştan beri tanıyıp tanımadığı konusunda verilen haberlerdir. Yuhanna'ya göre Hz. Yahya, Hz. İsa'yı vaftiz ettiği günden itibaren tanımakta ve onun mesih olduğunu bilmektedir. Çünkü o, ruhun gökten Hz. İsa'nın üzerine bir güvercin biçiminde indiğini görmüş ve onun "Tanrı'nın oğlu" olduğuna o andan itibaren tanıklık etmiştir. Yuhanna İnciline göre Hz. Yahya şöyle söylemiştir: "Ben su ile vaftiz ediyorum, ama aranızda biri duruyor. Benden sonra gelen odur. Ben onun çarığının bağını bile çözmeye lâyık değilim... Yahya ertesi gün İsa'nın kendisine doğru geldiğini görünce şöyle dedi: İşte dünyanın günahını ortadan kaldıran Tanrı'nın kuzusu... Benden sonra biri geliyor, o benden üstündür, çünkü o, benden önce vardı, dediğim kişi işte budur" (Yuhanna, 1/26-34). Yuhanna'da geçen bu ifadelere göre Yahya (a.s.), ilk gördüğü andan itibaren Hz. İsa'nın "Tanrı'nın oğlu" olduğunu bilmektedir. Diğer İncillerde ise bunun tersine, Hz. Yahya'nın, Hz. İsa'yı iyice tanımadığı, onun Mesih olup olmadığı konusunda tereddütlerinin bulunduğu, hatta bu tereddüdü gidermek için öğrencilerini Hz. İsa'nın bulunduğu yere gönderip işi tahkik ettirdiği haber verilmektedir. Luka ve Matta bu konuda şu bilgiyi veriyorlar: "Yahya'nın öğrencileri bütün bu olup bitenleri kendisine bildirdiler. Öğrencilerden ikisini yanına çağıran Hz. Yahya, 'Gelecek olan sen misin, yoksa başkasını mı bekleyelim?' diye sormaları için onları rabbe gönderdi" (Luka, 7/18-19; Matta, 11/2-3). Luka ve Matta'da verilen bu bilgiye göre Hz. Yahya, Hz. İsa'nın kim olduğunu tam bilmemektedir ve onun gelecek olan Mesih olduğundan emin değildir. Bu yüzden kendisine "Sen Mesih misin, değil misin?" diye sordurmaktadır. Halbuki Yuhanna İncilinde, Yahya'nın, Hz. İsa'yı daha vaftiz etmeden önce tanıdığı ve onun "Tanrı'nın oğlu" olduğunu bildiği haber verilmektedir.
Yahya konusundaki diğer bir çelişki, Hz. Yahya'nın, Hz. İsa'ya onun kim olduğunu öğrenmek üzere göndermiş olduğu öğrencilerin sayısı konusundaki çelişkidir. Matta'ya göre öğrencilerin sayısı belli değildir. Bu İncil, Hz. Yahya'nın Hz. İsa'ya kaç kişi gönderdiğini rakamla belirtmiyor. Luka İncilinde ise rakam verilmek sûretiyle iki öğrencinin gönderildiği belirtiliyor.