Cengizhan'm ikinci oğlu olan Çağatay'ın payına babasının imparatorluğundan Uygur ülkesi, Türkistan ve Maveraünnehir toprakları düşmüştü. Cengizhan'm çocukları arasında onun "El-Yasak" adıyla bilinen Öğretilerine, daha çok bu oğlu bağlı bulunuyordu. Çağatay, payına düşen bölgenin idaresini babasının ölümünden sonra hicri 624 yılında ele aldı. Ve hicri 640 yılında Ölünceye kadar da ülkesinin hanı olarak iş başında kaldı.
Sonra bu hanedanın idaresini Çağatay'ın torunu Motobun oğlu Kara Hülagu ele aldı. Kara Hülagu'nun babasının ise, kendi babasının sağlığında öldüğü anlaşılmaktadır. Kara Hülagu, Çağatay sülalesinin başına geçtikten altı yıl sonra Yesu Mengü ile anlaşmazlığa düştü. Yesu Mengü Kara Hülagu ile liderlik konusunda mücadele ederek liderliği dört yıl müddetle onun elinden aldı. Fakat Hülagu altı yüz kırk dokuz yılında tekrar iş başına dönmeyi ve Çağatay oğullarını idaresi altında toplamayı başardı. Dolayısıyla Kara Hülagu'ya Çağatay sülalesinin hanı unvanı verildi.
Bir müddet sonra da bu hanedanın başına Ergine Hatun geçerek hicri 659'a kadar bu mevkide kaldı. Onun yerine ise Albu Han geçerek beş yıl kadar başta kaldı.
Ardından hicri 664'te idarenin başına Mübarek Şah geldi. Mübarek Şah İslam terbiyesiyle yetişmiş bulunuyordu. Onu, annesi, yani Kara Hülagu'nun hanımı Ergine Hatun yetiştirmişti. Sonra tahta talip olmaya başladı. Taht ise bu sırada kavga konusuydu. Nitekim Mübarek Şah tahtı ele geçirdi. Ancak çok geçmeden amcası oğlu Brak Han onu iş başından uzaklaştırdı. Ve mevkiini teslim aldı. Mübarek Şah'm müslümanlığının büyük izleri olmadı. Nitekim çocuklarının isimlerine baktığımız zaman hiç değilse taşıdıkları isimlerle müslüman olduklarına ya da babalarının dinini kabul etmiş olduklarına dair bir belirtiye rastlayamıyoruz.
Sonra Brak Han hicri 664'te amcası oğlu ve Çağatay sülalesinin hanı olan Mübarek Şah'ı hanlıktan devirerek devletin idaresini eline geçirdi. Aynı zamanda Ügeday sülalesinin hanı olan diğer amcasının oğlu, Kaşin oğlu Gido ile de savaşarak ona karşı üstünlük kazandı. Ve bu suretle eline geçirmiş bulunduğu bu iki hanlığı başına buyruk şekilde idare etmeye çalıştı.
Brak Han hicri 670'te de öldü. Onun ölmeden bir kaç gün önce İslam dinini kabul ettiği söylenmektedir. Ancak Ölünce İslam dininin kurallarına göre değil, bilakis putperest Moğol geleneklerine göre defnedildi. Aynı zamanda Brak Han'ın İslam'ı kabul ettiği son günlerinde Sultan Gıyasüddin unvanını aldığı da söylenmektedir.
Brak Han yerine Prens Nigubay'ı bırakmıştı. Fakat Nigubay bir yıldan fazla başta kalamadı. (670-671) Ondan sonra Toka Timur devletin basma geçti. Toka Timur'un idaresi (671-681) yılları arasında on sene sürdü. Onun yerine ise Duda Han geçti. Duda Han'ın saltanatı yirmi beş yıldan fazla sürmüştür. Çağatay sülalesinin hanları arasında iktidarının uzunluğu bakımından Duda Han birinci sayılmaktadır. Duda Han ölünce yerine geçen Uncuk Han hicri 706-708 yılları arasında iki sene kadar başta kaldı. Onu bir yıl müddetle hanlık yapan Taligu Han takip etti. Onu da kardeşi Kebek Han iş başından uzaklaştırarak idareyi ele geçirdi idiyse de bir yıl sürmeden Kebek Han da "hal" edildi, Ondan sonra da hicri 709 yılında Esenboğa Saltanat makamına geldi.
Kuzey Moğol Han'ı Toktay ile Maveraünnehir Han'ı Esenboğa arasında savaş patlak verdi. Ve Toktay, Maveraünnehir Moğolları-na karşı üstünlük elde etti. Bu olay ise Kebek Han'ın Kuzey Moğolların tesiriyle hicri 718'de ikinci kez iş başına gelmesi için sebep teşkil etti.
Kebek Han, İlhanlı Devletinin Han'ı Ebu Said'e karşı Kuzey Moğol Han'ı Muhammed Özbek'le, İlhanlı Devleti'nin topraklarına, her bir ayrı bir yönden girip işgal etmek üzere anlaştılar. Ancak Özbek'in komutanı Çoban'm, sevk ve idaresindeki ordu, Ebu Sa-id'in kuvvetlerine yenildi. Ve maveraünnehir ordularının komutanı Yisur geri çekildi. Ondan sonra da hicri 720'de öldürüldü.
Bu arada Kuzey Moğol kuvvetleriyle herhangi bir çarpışma cereyan etmedi. Çünkü Muhammed Özbek Maveraünnehir Moğol-lanna ait kuvvetlerin çekildiğini görünce kendisi de savaş meydanından ricat etti. Ancak hicri 721 yılında yeniden Özbek ve Kebek arasında antlaşma yapıldı. Ne var ki bir yıl sonra Kebek "hal" edildi. Ertesi yıl da Muhammed Özbek onu izledi.
İlhanlılar karşısında Maveraünnehir bölgesinde uğradığı hezimetten sonra kuzey Moğol devleti, zayıflamaya başladı. Ve İlgige-day hicri 721 yılı içinde bir kaç aylığına iş başına geldi. Ondan sonra da saltanatı yine birkaç aylığına Duda Timur ele geçirdi. Hiç şüphe yok ki Ügeday hanedanına ait bölgenin en az batı kısmını yani Türkistan'ı işgal ettikten sonra İlhanlı Devletinin Duda Han devrinden beri genişlemesinin, Kuzey Moğolların zayıflamasında büyük etkisi vardır. Çünkü Kuzey Moğolların bölge hanları güçlerini kaybetmişlerdi. Bu sebeple de devletin geniş bir alana egemen olmasına imkan sağlayamıyorlardı.
Çağatay hanedanının sorumluluğunu, hicri 722'de Durma Şirin üstlendi. Durma Şirin müslüman olmuş aynı zamanda onunla birlikte Çağatay hanedanına mensup fertlerin çoğu ya da hanedanın en azından prenslerinin büyük kısmı İslamı kabul etmişlerdi. Ne varki bu müslümanlık, gönüllerde henüz çok iyi bir şekilde yerleşmiş değildi. Sebebine gelince İslam dini bu toplum için henüz yeni bir olaydı. Aynı zamanda İslam'a girmek bir çeşit taklitten, özentiden ibaretti. Ya da büyük hana yaranmak için müslü-rnan olunurdu. Ünlü gezgin İbni Batuta bu sultanla da görüşmüştür. Durma Şirin hicri 722-735 yılları arasında ori üç yıl müddetle iş başında kaldı.
Öyle anlaşılıyor ki Durma Şirin ülkesinin her tarafıma özellikle hayatının sonlarına doğru pek hakim değildi. Zira bu ailenin diğer hanlarına bakıyoruz: Mesela Sancar (730-734) ile Çengişay'm (734-735) siyasi nüfuzları ülkenin bazı bölgeleri üzerinde kendini gösterebiliyordu. Çünkü devlet artık bu dönemde müslüman olanlarla olmayanlar arasında adeta bölüşülmüş ve parçalanmış durumdaydı. Nitekim putperest olarak kalan Moğol hükümdarlarının idare ettikleri bölge: Moğolistan, halk da Casiler (yani Haramiler, hırsızlar) adıyla anılıyordu. Bozon hicri 735 yılında Durma Şirin'i hanlıktan devirerek müslümanlara karşı baskı uygulamaya başladı. Bu yüzden de devlet ileri gelenleri arasında kavgalar ve ihtilaflar çıktı. Bozon'dan sonra, hicri 739'da Esin Timur idarenin başına geçti. Ve iki yıl kadar iktidarda kaldı.
Fakat müslümanlarda Ügeday hanedanından, Ali Han'ı yine iki yıl müddetle iş başına getirmeyi başardılar. Ondan sonra Çağatay hanedanından yine müslüman olan Muhammed adındaki bir prens hicri 743-744 yılında (yani bir sene müddetle) başa geçti. Onu ise, hicri 744-747 seneleri arasında üç yıl süreyle hanlığı üst-lenenen Gazan takip etti. Gazan da ölünce devlet bir takım küçük emirliklere bölündü. Türk beyleri de bu durumdan istifade ederek Maveraünnehir topraklarında Moğollara karşı üstünlük elde ettiler. Devletin son dönemlerinde Maveraünnehir bölgesine Daniş-mentçe nasbedilmişti. Danişmentçe, Ügeday sülalesine mensuptu. Ve burayı iki yıl kadar idare etti.
Ondan sonra ise Çağatay hanedanından Bayan Han on bir yıl süreyle devletin idaresini yürüttü. Ancak Maveraünnehir'de ülkenin birliği bozulmuş, Devlet parçalanmış vaziyette idi. Ülkenin geniş bölgeleri Türklerin egemenliği altına girmiş bulunuyordu. Bu durum ise nihayet Moğol beylerinden birinin, Türkistan'ın kuzey kısmında bağımsızlığını ilan etmesine sebep oldu. [1]
1- Çağatay : 624-640
2- Kara Hülagu : 640- 645
3- Yesu Mengü : 645-649
4- Kara Hülagu (ikinci kez) : 649-650
5- Ergine Hatun (Kara Hülagu'nun hanımı): 650-659
6- Algu: 659-664
7- Mübarek Şah : 664-664 8-BrakHan: 664-670
9- Nikubay: 670-671
10-TokayTimur: 671-671
ll-DudaHan:681-706
12- Koncuk Han: 706-708
13-Mtgu Han: 708-709
14-Kebek Han: 709-709
15-Esenboğa: 709-718
16- Kebek Han (2.kez) : 718-721
17-İlgi Geday: 721-721
18-Duda Timur: 721-722
19- Durmaşirin : 722-735
20- Bozun Han :735-739
21- Esen Timur: 739-741
22- Ali (Ügeday Hanedanından) : 741- 743
23- Muhammed: 743-744
24- Gazan : 744- 747
25- Sancar: 730-734
26- Çengişay: 734-735
27- Danişmendçe (Ügeday hanedanından): 747-749 28-Kabul Han: 749-760
29- Tuğluk Timur : 749-764
30- TuğlukTimuroğlu İlyas Hoca : 764-768
31- Kamerüddin : 768- 771
32- Seyuroğtamış {Ügeday sülalesinden Danişmendçe'nin oğlu: 771-791
33- Mahmud Seyuroğtamışoğlu: 791- 800 [2]
Çağatay hanedanından Tuğîuk Han, hicri 748'de Türkistan'ın kentlerinden Kaşgar'da bağımsızlığını ilan ederken aynı zamanda Duda Han'ın torunu olduğunu da açıkladı. Tuğluk Han Mavera-ünnehir topraklarını da ilhak etti.
Tuğluk Han döneminde Moğollardan yüz atmış bin kişi kadar bir topluluk İslam dinini kabul etti. Tuğluk Han'ın hükmü hicri 738-764 yılları arasında on altı sene kadar sürdü. Ondan sonra yerine oğlu İlyas Hoca geçti. Moğollar işte bu İlyas Hoca döneminde Maveraünnehir'deki topraklarını kaybettiler.
Keza, Kamerüddin adıyla tanınan bir lider idareyi İlyas Ho-ca'nın elinden kaptı. Hicri 791'e kadar devlet idaresi bu Kamerüddin'in elinde kaldı. Ondan sonra idare yeniden Tuğluk Timur'un oğlu Hızır Hoca'ya geçerek hicri 801 yılma kadar devam etti. Ondan sonra yerine oğlu Şem-i Cihan geçti.
Türkistan Moğol Devleti'nin başına sırayla aşağıdaki hanlar geçmişlerdir.
1- Tuğluk Timur: 748-764
2- TuğlukTimuroğlu İlyas Hoca: 764-776
3- Kamerüddin : 776-791
4- TuğlukTimuroğlu İlyas Hoca: 791-801
5- Hızırhocaoğlu Şem'i Cihan: 801-810
6- Hızırhocaoğlu Muhammed Han: 810-818
7- Şem'i Cihanoğlu Nakşicihan: 818-821
8- Şirali oğlu Üveys Han: 821-824
9- Şahcihanoğlu Şir Muhammed: 824-828
10- Üveys Han (ikinci kez): 828-831
11- Çalkantılar Dönemi: 831-838 12-Üveyshanoğlu Esenboğa: 838-866
13- Üveys Hanoğlu Yunus Han: 866-866
14- Esenboğa oğlu Dost Muhammed
Sonra ülke çapında bir çalkantılar dönemi başladı. Ve devlet birçok küçük beyliklere bölündü. Bu beyliklerden bazısı Aksu'da [3] bazısı ise Turfan'da [4] kuruldular. Dost Muhammed'in oğlu Kebek Sultan bu beyliğin başında hicri 873'ten 877'ye kadar dört yıl hükmetti. Sonra onun yerine Yunusoğlu Mahmud Han ve yine Yunus oğlu Ahmed Han (890-908) Keza, Ahmed Han'ın oğlu Mansur (908-950) iş başına geldiler. Sonra devrimcilerden biri yönetimi ele geçirerek Kaşgar ve Barkend'i, 920'ye kadar hakimiyeti altına aldı. Ardından Ahmed'in oğlu Seyit Han Kaşgar'm idaresini tekrar geri alarak 920'den 939'a kadar da o başta kaldı. Sonra Seyit Han'ın yerine oğlu Abdurreşid geçti. (939-978) Turfan'a gelince, buraya babasının ölümünden sonra hicri 950'den 978'e kadar Şah Cihan hükmetti. Ardından da aynı yıl içerisinde işte bu Moğol hanedanının sonu geldi. Bu merhale boyunca Karaşar kenti [5] zaman zaman Turfan beyliğine tabi oluyordu. [6]
[1] Mahmud Şakir, Hz. Âdem'den Bugüne İslam Tarihi, Kahraman Yayınları: 6/195-198.
[2] Mahmud Şakir, Hz. Âdem'den Bugüne İslam Tarihi, Kahraman Yayınları: 6/199-200.
[3] Aksu; Tarim Nehri'nin kollarından birinin kıyısındadır. Kaşgar'm 420 Km. doğusuna düşmektedir
[4] Turfan; Aksu'nun doğu yönünde uzayarak kuzeye doğru hafifçe yönelen ve Aksu'dan 780 Km. mesafede bulunan geniş bir ovadır. Deniz seviyesinden 154 m. Alçaktadır.
[5] Karaşar; Aksu ile Turfan kentleri araşma düşen ve aynı adı taşıyan bir göiün kenarında bulunmaktadır. Tiyanşan Dağlan'ndan akan sular buraya dökülür. Tiyanşan Dağları ise Zungarya Havzası'm Tarim Nehrinin havzasından ayırmaktadır. Bu iki havza da Doğu Türkistan topraklarına dahildir. Karaşar gölünün deniz seviyesinden yüksekliği 1030 m. dir.
[6] Mahmud Şakir, Hz. Âdem'den Bugüne İslam Tarihi, Kahraman Yayınları: 6/200-201.